Die Kirche "Sankt Johann auf den Steynen" wurde 1308 von Heinrich VII., Graf von Luxemburg und Deutscher Kaiser (1288-1313), und seiner Gemahlin Margareta von Brabant gegründet.
1321 wurde sie zur Pfarrkirche erhoben.
1543, während des Krieges zwischen dem Französischen König Francois 1er und Kaiser Karl v., wurde die Benediktinerabtei von Altmünster, gelegen vor der Festungsmauer im Clausenerberg, schwer beschädigt und daraufhin abgetragen. Die Mönche zogen sich zuerst in ihr Refugium in die Oberstadt zurück und nahmen die Gebeine Johanns des Blinden mit. Daraufhin verlegten sie ihre Abtei endgültig nach Stadtgrund, womit das neue Benediktinerkloster von Stadtgrund den Namen "Neumünster" erhielt.
1606 wurde die Abteikirche neu errichtet und 1618 der Pfarrei Sankt Johann zur Verfügung gestellt; die Benediktiner versahen seitdem die Pfarrei bis zum Ausbruch der Französischen Revolution in Luxemburg.
1683/1684, während der Belagerung durch die Franzosen, wurde die Kirche mitsamt den Klostergebäulichkeiten ein Raub der Flammen. Zwischen 1688 und 1705 wurden Kirche und Kloster wieder aufgebaut nach den Plänen des Ingenieurs Hubert Laloir aus Lüttich, eines Mitarbeiters Vaubans, und 1731 durch Weihbischof Nalbach von Trier konsekriert.
Über dem Barock-Portal steht die Münstermadonna. Links vom Eingang der hl. Benedikt. rechts die hl. Scholastika. Die drei Statuen des Portals sind aus Stein. Die Architektur der Saalkirche ist denkbar einfach, so dass das prachtvolle Mobiliar besonders zur Geltung kommt.
Das ursprüngliche Benediktinermobiliar wurde zum größten Teil im Jahr 1804 veräußert und an dessen Stelle die jetzigen Altäre aus dem Franziskanerkloster auf dem „Knuedler", der heutigen „Place Guillaume" in der Oberstadt, aufgestellt. Vom ursprünglichen Benediktinermobiliar sind noch erhalten: Die Kanzel, mit Heiligen aus dem Benediktinerorden. Die Orgel deren alter Spieltisch die Jahreszahl 1720 trug. Drei Prospektpfeifen tragen Eingravierungen: die Sonnenmadonna, das Siegel der Neumünsterabtei; das Wappen von Abt Romain Edinger (†1716) und das von Abt Benoit Haas (†1771).
Von den jetzigen 41 Registern sind noch 8 aus der ursprünglichen Benediktinerorgel. Die zwei großen Ölgemälde im Chor, aus dem Werke Anfang des 18. Jahrhunderts: rechts der hl. Basilius, Mönchsvater des Orients, und links der hl. Benedikt, Mönchsvater des Abendlandes.
Das 1805 aufgestellte Franziskanermobiliar:
Der Hauptaltar, der die Jahreszahl 1683 trägt, erinnert an ein Geschenk Ludwigs XlV. von Frankreich für die an Weihnachten 1683 erfolgte Beschießung der Stadt. Die Arbeit zeigt Elemente des flämischen Barock und wurde sicher von einem einheimischen Künstler ausgeführt. Der obere Teil stellt die Heiligste Dreifaltigkeit dar: oben Gott Vater, darunter der Heilige Geist unter dem Symbol einer Taube und Christus im Bild des Guten Hirten. Das Altarbild, das nicht zum ursprünglichen Bildprogramm gehört, den jungen Johannes den Täufer in der Wüste darstellend, ist eine von dem luxemburgischen Maler P. F. Maisonnet Junior ausgeführte Kopie (1811) eines Raphael. Die links und rechts aufgestellten Statuen sind die so genannten "Pestheiligen", angerufen gegen die Pestkrankheit. Es sind: oben links der hl. Rochus, rechts der hl. Hadrianus;
in der Mitte links der hl. Sebastian, mit Pfeilen durchbohrt, rechts der hl. Antonius der Einsiedler, mit einem Schwein; unten links der hl. König Ludwig IX., mit den Gesichtszügen Ludwigs XIV. und mit dem Franziskanergürtel, und der hl. Papst Gregor der Große; unten rechts der hl. Karl Borromäus und der hl. Johannes der Täufer Zu bei den Seiten des Altartisches befinden sich Medaillons, das linke den hl. Franz von Assisi, das rechte die hl. Klara darstellend. Die in demselben Stil ausgeführten Seitenaltäre sind, der linke dem hl. Josef, der rechte dem hl. Antonius gewidmet. Der Messaltar zum Volk wurde vom luxemburgisehen Künstler Nico Klein in demselben Stil ausgeführt und im Jahr 1970 aufgestellt. Ferner sind bemerkenswert: Die Kreuzwegbilder, Emailarbeiten des 16. Jahrhunderts, angefertigt in den Werkstätten von l.eonard Limousin aus Limoges, Frankreich; alle Bilder sind gezeichnet "L. L. Esmailleur du Roy". Der spätgotische Taufstein stammt aus der Sankt Ulrich-Kirche, die zweite Pfarrei des Stadtteils Grund; sie ist bereits 1083 in einem Akt des Grafen Wilhelm von Luxemburg erwähnt. Sie wurde während der Französischen Revolution säkularisiert und verkauft. Bei der Schleifung der Festung wurde sie abgerissen. Die Gemälde und Statuen, die über die ganze Kirche verteilt sind: Die Gemälde: links: die Anbetung der Weisen (über dem Beichtstuhl); Veronika reicht Jesus das Schweißtuch (zwischen Kanzel und Seitenaltar); rechts: die hl. Rosa von Lima (neben dem Taufstein); die Kreuzigung (über dem Beichtstuhl); die Geißelung (vor dem Seitenaltar). Die Statuen: unter der Empore die Pieta und der Kreuz tragende Christus; auf der Empore zwei Engel mit Posaune; vor dem rechten Seitenaltar, Christus am Ölberg; im Chor, rechts und links vor dem Hauptaltar, der gegeißelte und dornengekrönte Christus.
Das Gnadenbild der schwarzen Notmuttergottes
Es befindet sich auf einem Barockaltar, der aus dem Kloster Marienthal stammt und in einer stimmungsvollen, von einem schmiedeeisernen Gitter abgeschlossenen linken Seitenkapelle aufgestellt ist. Es ist mit den Altären aus der Franziskanerkirche im Jahr 1805 nach Sankt Johann gekommen. In der Franziskanerkirche wurde es unter dem Titel "Mater Dei et Stella Coeli", Mutter Gottes und Stern des Himmels, angerufen. Es verrät kölnischen Einfluss, wenn nicht sogar kölnisches Entstehen in der Parler-Zeit um 1400. Im Jahr 1978 war es in der Parlerausstellung in Köln. Im Aufbau der Gesichtszüge der Madonna und in ihrem diskreten Lächeln, in der Gestaltung des Faltenspiels des kurzen Schleiermantels und im kurvig schwingenden Körperbau lehnt die 1,20 Meter hohe, aus Nussbaumholz geschnitzte Statue sich an die Eleganz der "Schönen Madonnen" der letzten Jahrzehnte des 14. Jahrhunderts im kölnischen Raum an. Die Geschichte des Bildes lässt sich aus den bisher bekannten Quellen nur bis in das Franziskanerkloster zurückverfolgen. Seit Jahrhunderten wird sie gegen die Pest, den "Schwarzen Tod" angerufen; ein Umstand, der glaubwürdig erklären dürfte, wieso Gesicht und Hände von Mutter und Kind im Laufe der Jahrhunderte einmal geschwärzt wurden.
